箕面自由学園は１９２６年４月に大阪府豊能郡箕面村（現在の箕面市立北小学校の位置）に箕面学園尋常小学校として設立されました。
設立者の岸本兼太郎（岸本汽船社長）は、阪急電鉄の開業に伴い、箕面付近の住宅開発を行っていましたが、居住者の子弟の教育に適した学校の必要性を考え、熟練の教育者である小谷新太郎を校長に招きました。

大正時代から昭和前期は、デューイの児童中心主義の教育論や自然教育、作業教育などの理念の下に「新教育運動」が展開され、教授法の革新や新教育を実践する新しい学校の設立が目覚しかった時代でした。学問的にも全人教育論をはじめ、新しい理論や潮流が開花した時期でした。
学年進行とともに一つずつ知識を覚えさせる、型にはまった主知注入型の官制教育に対して、教育の本質を呼びさまそうとする流れもありました。

１９２６年の創立以来、小学1年生から英語の授業を実施していました。
ネイティヴスピーカーのマギル先生の情熱的な授業は、英語を通して児童に国際感覚を育みました。創立から８０余年を経た現在も、小学校での週2時間の授業に受け継がれています。

第二次大戦後の混乱で、学園は廃校すら決意していました。しかし保護者の大勢は「この特色ある教育の火を絶やしてはならない」と委員会を結成し、存続をはかりました。その中に当時の大阪帝国大学工学部教授小島公平氏と、中山寺成就院院主の池田瑩澄氏がいました。
１９４５年４月から宣真高等女学校（現在の宣真高等学校）の仮校舎、そして同年10月からは中山寺境内で授業を継続しました。

小島氏は１９４７年４月中学校設立と同時に初代校長に就任しました。１９４７年10月、現在の豊中市宮山町の丘の上に移転、中学校は１９４７年6月から１９４８年5月までの期間は、旧制浪速高等学校（現大阪大学）に仮移転の後、現在地に移転し再スタートしました。

１９４７年10月に、現在地（豊中市宮山町）の丘の上に移転した際に、かねてから標榜する教育理念である「自由の精神」をそのまま校名に取り入れ、発展的に「箕面自由学園」と改名しました。
その後、伝統教育を継続して行うため１９５１年４月に高等学校が設立されました。さらに学園教育の精神を幼児教育に反映させるべく、１９６５年年3月に幼稚園が設立されました。

これ以来、学園では、満3歳の幼稚園児から18歳の高校3年生までの園児・児童・生徒たちが、高い空の下、自由闊達な雰囲気のなかで、のびのびと勉学にいそしんでいます。